정부출연연구기관은 정부가 출연하고 연구를 주된 목적으로 하는 기관이다. 정부가 설립과 운영에 필요한 자금을 지원하지만 법적으로 민간법인인 연구소 형태이다. 1966년 한국과학기술연구소(현 한국과학기술연구원)가 설립되면서 처음 등장했으며, 이후 과학기술 및 사회·경제 분야의 여러 연구소들이 세워지면서 한국을 대표하는 연구소 체제로 자리잡았다. 과학기술 분야 연구기관은 「과학기술분야 정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」로, 그 외 분야는 「정부출연연구기관 등의 설립·운영 및 육성에 관한 법률」에 근거를 두고 있다.